1. אין תהליך חיתוך אוטומטי ומאגר פרמטרי חיתוך במערכת ה-CNC.
עובדי חיתוך יכולים להסתמך רק על ניסיון והתבוננות בעין, ולהפעיל את מכונת חיתוך CNC בשיטות ידניות, ואינם יכולים להשיג ניקוב אוטומטי וחיתוך אוטומטי. צריכת החשמל של מכונת החיתוך היא מטבע הדברים נמוכה מאוד.
2. עיכוב החיתוך שנגרם מחוסר היציבות של מערכת הבקרה המספרית.
עקב חימום המעבד והדיסק הקשיח של מערכת ה-CNC, המערכת אינה יציבה ואינה יכולה לעבוד מלא זמן -; או שהמאוורר שחוק, הדיסק הקשיח מזמזם או נגוע בווירוס, הגורם לחסימת ייצור, או שתוכנת בקרת החיתוך של מערכת ה-CNC פגומה. כשל או תקלת חיתוך גם יעכבו את צריכת החיתוך וישפיעו על איכות החיתוך ובעיות אחרות.
3. לא מתאים להשתמש בשיטת החיתוך. בהגדרת החיתוך, שיטת החיתוך בה נעשה שימוש פשוטה מדי, ויש לחורר ולחתוך את החלקים הבודדים במצב טוב. לא נעשה שימוש בשיטות חיתוך יעילות כגון קצה משותף, קצה מושאל וגישור, וכתוצאה מכך כוח חיתוך נמוך וצריכת חומרים מתכלים של פיות חיתוך (במיוחד פיית חיתוך פלזמה) היא רצינית.